《嘉定屠城纪略》封面七月初四嘉定城破后，清军蜂拥而入，又一次展开了血腥的大屠杀。当屠城令下达之时，清兵“家至户到，小街僻巷，无不穷搜，乱草丛棘，必用长枪乱搅”。大屠杀持续了一日，约三万人遇害，“自西关至葛隆镇，浮尸满河，舟行无下篙处”。“市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼籍”。与此同时，清军“拘集民船，装载金帛、子女及牛马羊等物三百余船”，满载而去。此为嘉定第一屠。

但是，杀戮的恐怖并未吓倒民众，清兵一走，四散逃亡的民众又再度聚集，一位名叫朱瑛的反清义士率五十人进城，纠集民众，又一次占领并控制了嘉定，但最终又被清军再次镇压下去。由于嘉定城内居民闻风逃亡，所以这一次清军屠杀的目标主要是城郊，“数十里内，草木尽毁……民间炊烟断绝”。“城内积尸成丘，惟三、四僧人撤取屋木，聚尸焚之”。尤其是外冈、葛隆二镇，因为组织乡兵进行了抵抗，几乎被烧杀殆尽。此为嘉定第二屠。

第二次屠城，也未能削弱民众的反抗意志，抵抗的余波还在继续。八月二十六日，原南明总兵吴之番率余部反攻嘉定城。城内清兵猝不及防，乃溃。城内民众纷纷奔至吴军前，“踊跃听命”。然而，吴军乃乌合之众。清兵反扑之时，“一时溃散”。清兵拥入城内，第三次血洗嘉定城，嘉定城再遭浩劫。除平息吴之番的造反外，嘉定城内外又有两万多人被清兵所杀，此为嘉定第三屠。